Для того, чтобы установить часовой пояс в debian/ubuntu server в консоли(здесь ставим Екат +5 UTC)
echo "Asia/Yekaterinburg" > /etc/timezone dpkg-reconfigure -f noninteractive tzdata
Все готово
Чтобы синхронить время надо
/etc/init.d/ntp stop ntpdate ntp.mobatime.ru /etc/init.d/ntp start